医学Nanopore全基因组甲基化

产品介绍

Nanopore测序技术借助单个分子通过纳米孔时引起孔两侧电位差来实现信号检测,纳米孔的直径仅允许单个核苷酸聚合物通过,而ATCG四种碱基以及带有甲基化修饰的碱基的带电性质不同,因此通过电信号差异特征即可检测出通过纳米孔的碱基类型,从而实现甲基化修饰的检测。

Nanopore三代单分子纳米孔测序可以同时检测全基因组范围单碱基的5mC和6mA修饰位点,并给出单碱基的甲基化水平!甲基化数据的序列信息还可以用于重测序分析,一套数据分析5mC&6mA的甲基化的同时还能进行结构变异检测。

服务流程

  • 样品寄送

  • 建库测序

  • 数据分析

  • 出具报告

  • 售后答疑

实验流程

实验流程按照 Oxford Nanopore Technologies(ONT) 公司提供的标准 protocol 执行,包括样品质量检测、文库构建、文库质量检测和文库测序等流程。

信息流程

 结果展示

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全基因组甲基化水平圈图
6
CGI区域的甲基化状态
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6mA区域的motif序列
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样品间比较分析

 常见问题

样品量少可以PCR后做甲基化检测吗?

不可以,必须直接上DNA,如果PCR后碱基上的甲基化修饰会被隐藏掉,无法通过电信号判断出来。

6mA是什么,研究它有什么意义?

N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenine,6mA)是指腺嘌呤6位氮原子的甲基化修饰。对于真核生物来讲,关于DNA甲基化的研究主要集中在5mC上。然而随着测序技术的发展发现6mA在真核生物中不但存在还起着非常重要的作用。关于6mA甲基化在发育、疾病中所起的作用还需要大家共同探索。

Nanopore甲基化测序和6mA-IP-seq的区别?

6mA-IP-seq是研究用6mA的抗体去富集发生甲基化的区域,该技术最后找到的是发生甲基化区域的Peak,而非单碱基分辨率下研究每个A碱基的甲基化状态。而Nanopore测序根据电信号直接判断碱基是否发生甲基化修饰,进而根据多条read的信息去计算每个位点的甲基化水平。甲基化水平的变化与基因表达调控密切相关,单碱基分辨率研究位点的甲基化水平的变化对于研究甲基化的功能至关重要。

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